轮机工程系是学校规模最大的系部之一，下设轮机工程技术和轮机工程技术（船电方向）两个专业，其中轮机工程技术为学校品牌专业。
2006年，轮机工程技术专业被批准为省级教育教学改革试点专业，两门专业课程《船舶柴油机》和《船舶电气设备及系统》将参加省级精品课程的评选。
根据专业的培养要求，本系配套的实验实训场地有：船舶主、辅机实训基地、金工工艺实习基地、船舶电站实训基地、船舶电气及设备实习基地、电工工艺实训基地、PLC实训室、轮机英语培训室、数字化教室（在建），各种可供拆装、测试的柴油机、辅机设备，以及电气、电工、自动化仪器设备等。
本系不断创新教学，提升实验、实训环节，突出理论与实践并重的教学模式，在国家海事局上海考区海证统考考试中始终名列前茅。
目前轮机系毕业生就业的主要单位：类同航海系

轮机工程技术专业
培养目标
本专业培养符合国际海事组织制定的国际海员培训、发证、值班标准公约和我国海船海员适任标准，具有良好的职业道德和爱岗敬业精神，能胜任现代化船舶机电管理技术要求的甲类、丙类合格的高级轮机管理人员。
主要课程
机械制图、机械涉及基础与仪表、电工学、船舶电气及电力拖动、微机原理与轮机自动化、轮机工程基础、轮机自动化、高级消防培训、救生艇筏和救助艇培训、高级消防培训、船舶柴油机、船舶辅机、船舶电站、轮机维护与修理、船舶管理、轮机英语。
毕业生就业的主要方向
就业主要单位：国际、国内各级各类远洋、近洋、沿海海船员管理公司或相关行业公司、企业。
从事的主要工作：经国家海事局考试合格后可担任大型海船三管轮工作。船舶主机、辅机的管理维修。各种船舶、车辆、物业管理的通风、采暖、制冷、供电的保养及维修。

轮机工程技术专业（船电方向）
培养目标
本专业培养符合国际海事组织制定的国际海员培训、发证、值班标准公约和我国海船船员适任标准，具有良好职业道德和爱岗敬业精神，能胜任现代化船舶机电管理的甲类、丙类合格的高级电气员。??
主要课程
电子技术与电路、船舶电力拖动自动控制、船舶电站及其自动化装置、船舶电气自动化基础及应用、船舶电气英语、船舶电机、船舶电气管理工艺、船舶自动控制理论、微处理机原理及应用、网络与计算机通信。
毕业生就业的主要方向
就业主要单位：国际、国内各级各类远洋、近洋、沿海海船员管理公司或相关行业公司、企业，海上施工工程船舶，造船厂，海上移动平台。
从事的主要工作：经国家海事局考试合格后可担任大型海船三管轮工作。船舶主机、辅机的管理维修，各种船舶电器的使用、安装、维修工作。