航海系
航海系是学校规模最大的系部之一，下设航海技术专业为学校品牌专业。
2006年，航海技术专业被批准为省级教学改革试点专业，《基于大型船舶操纵模拟器的实训教学模拟研究》被批准为省级教学研究项目，《航海学》被授予省级精品课程称号。
根据专业的培养要求，本专业配套的实验实训场所有：水手实验室、海图作业/航线设计实训室、雷达实训室、GPS实训室、GMDSS实训室、航海英语听力与会话实训室、罗经实训室、大型船舶操纵模拟器实训室、东湖实训基地、月亮湾实训基地等。
航海系教育教学充分体现了以职业素质为核心的全面素质教育培养的思路，注重实践教学环节和职业技能的培养，以实现为中国长航集团、全国及全球相关行业输送大量合格人才的培养目标。
目前航海系毕业生就业的主要单位：
中国长航下属南京油运股份有限公司、长航凤凰股份有限公司、中石化长江燃料有限公司、长江交通科技股份有限公司、长航国际船舶管理有限公司等；交通部东海救助局、交通部南海救助局；中国石油集团海洋工程有限公司、中海油田服务有限公司；中远集团下属各公司、中海集团各地方分公司、华洋集团各地方海事中心、中外运国际经济技术合作公司；北京鑫裕盛船舶管理有限公司、上海阿达尼船务有限公司、武汉怡东船舶管理有限公司、上海兴洋船务有限公司，上海邦建船舶管理有限公司、中泉（集团）船务分公司、中厦国际经济技术合作公司等。
　　长航凤凰股份有限公司是我国内河经营干散货专业化运输规模最大、江、海、洋全程物流实力最强的企业，母公司为中央直管企业中国长航（集团）总公司。公司总部设在“九省通衢”的武汉，公司拥有和控制各类干散货运输船舶1500艘，载重吨260万吨，主机功率34万千瓦，控股及合资公司12家。公司在宁波、上海、南京、徐州、芜湖、重庆等大都市，沿河、沿江、沿海主要港口及境外设有30多家分支机构，建立了辐射长江流域和南北沿海的揽货网络及中转配送服务体系。
中石化长江燃料有限公司是由中国石化销售有限公司和中国长江航运（集团）总公司于2001年共同投资组建的有限责任公司。在长江干线的重庆、万州、宜昌、荆州、岳阳、武汉、黄石、九江、安庆、芜湖、南京、镇江、上海和江阴、宁波等中心城市和重要港口设有14个直属分公司和2个联营控股公司。公司现有从业人员2600余人，拥有现代化水上加油站80余座，年经营总量150万吨，年销售收入60多亿元。
长江交通科技股份有限公司是由中国长航集团武汉长江轮船公司、荆汉运输公司、武汉钢铁公司、鄂城钢铁公司、武汉理工大学交通科技总公司共同出资组建的企业，公司总资产达3亿元人民币，具有较强运输实力、科研实力和良好发展前景。
公司壮大发展长江干线和江海直达水上运输主业。拥有长江上最先进的各类型拖轮船舶39艘、驳船477艘，船舶总运力达80万吨，在长江运输企业中名列前茅，其中美国进口大功率拖轮，一次能拖载4万吨货物。
南京油运股份有限公司（NJTC）前身为南京水运实业股份有限公司，2007年，公司通过实施资产重组和定向增发，成功实现由长江油运向海上油运的战略转型，成为中国长航集团旗下专业从事海上油运业务的子公司，主营国际原油运输、国际成品油运输和化工品、液化气、沥青等特种液货运输，2007年底拥有各类营运船舶58艘，总运力184万载重吨, 年运量3000万吨，航线遍布全球，到2010年拥有和控制总运力将达到700万左右载重吨，跻身国际油运企业前列。
中海海员对外技术服务有限公司（MASES）经中华人民共和国国务院批准于一九八四年八月成立，是中国成立最早、规模最大的国际海员劳务外派公司之一。二十多年来，公司的海员外派业务涉及亚洲、欧洲、北美洲等近20个国家和地区的100多家船务公司，累计派出远洋船员5万余人次。